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Si necesitas  que una de las particiones que se monta automaticamente con Ubuntu deje de hacerlo, por ejemplo alguna de Windows, que tengamos la necesidad por motivos de seguridad de que no se mezcle con Ubuntu. Pues entonces Simplemente borra en el fstab la entrada de esa particion

(previamente hace respaldo de ese archivo por si despues queres que se vuelva amontar automaticamente)

sudo cp /etc/fstab /etc/fstab2

sudo gedit /etc/fstab

# Un ejemplo de fstab....

# /etc/fstab: static file system information.
#
# -- This file has been automaticly generated by ntfs-config --
#
# <file system> <mount point> <type> <options> <dump> <pass>

proc /proc proc defaults 0 0
# Entry for /dev/sda2 :
UUID=85c62d75-d147-4a12-ac97-98d2b5eb99ef / ext3 defaults,errors=remount-ro 0 1
# Entry for /dev/sda1 :
UUID=7AAC1835AC17EA81 /media/sda1 ntfs-3g defaults,locale=es_AR.UTF-8 0 1

# Entry for /dev/sda5 :
UUID=cddf7b86-c871-4cf4-be7f-490529048483 none swap sw 0 0
/dev/hda /media/cdrom0 udf,iso9660 user,noauto 0 0
/dev/fd0 /media/floppy0 auto rw,user,noauto 0 0
/dev/sda6 /media/disco ntfs-3g defaults,locale=es_AR.UTF-8 0 0

Simplemente comenta (solo agregas el simbolo # delante de la linea) la particion que quieras que no se monte.

Te ha de quedar algo así:

 # UUID=7AAC1835AC17EA81 /media/sda1 ntfs-3g defaults,locale=es_AR.UTF-8 0 1

 Saludos.