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Para que funcione deben tener instalado (ademas del amule) el paquete amule-ed2k, para ello abrimos una cosola y hacemos:

$/sudo apt-get install amule-ed2k

Abrir Firefox y escribir en la barra de direcciones ingresar:

about:config

Deberemos indicarle a Firefox como manejar eñ protocolo ed2k agregando las siguientes lneas.

En la lista "Nombre de Preferencia" hacemos clic derecho y elegimos "Nuevo, Lógico" y como “Nombre de la Preferencia” escribimos lo siguiente :

network.protocol-handler.external.ed2k, aceptamos y ponemos el valor a True

Hacemos nuevamente clic derecho y "Nuevo, Cadena" como "Nombre de la Preferencia" ponemos:

network.protocol-handler.app.ed2k

Nos pedirá la ruta donde esta el ejecutable del amule que en mi caso es:

/usr/bin/amule

La direccion puede cambiar segun la maquina, si no funciona abra que buscar en donde esta instalado el amule. Otra direccion puede llegar a ser /usr/bin/ed2k
Con esto Firefox nos queda configurado para que cuando hacemos click en un elink, este se cargue automaticamente al amule (Siempre y cuando este este ejecutandose)