Yo personalmente uso Debian, pero los usuarios de Ubuntu seguro que en algunas ocasiones habeis conectado un escaner usb y no ha funcionado sin un poco de consola negra xD

Bueno, si os habeis encontrado con este problema, a continuación os escribo los primeros pasos a seguir.

• Encontrar el firmware del escaner que estais utilizando, si no lo encontrais directamente en la web, que es lo más probable, podeis hacer como tube que hacer yo: uve que bajarme los controladores del modelo concreto de mi escaner y descomprimir el paquete de winx o instalar los drivers en un güiindo$ y buscar el firmweare en la carpeta de instalación, suele tener extensión ".bin".
• Instalar sane en vuestra distro de GNU/Linux preferida.
• Encontrar los ficheros de configuración para el modelo de vuestro escaner, esta la encontrareis en /etc/sane.d/
• Modificar el fichero de configuración de nuestro escaner especificando la ruta y el nombre correcto hacia la ubicación de nuestro firmware. Si le echais un vistazo al fichero vereis que es facil.

Despues de esto os podeis instalar la interfaz de sane que querais para escanear desde un entorno grafico.

Si no me equicovo no hace falta nada más, seria más facil si los fabricantes distribuyeran sus softwares con licencias libres.

Espero os sirva de algo.